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同じプロジェクト／製品の開発で、Qtの商用ライセンスとオープンソースライセンスを自由に混在させることはできません。Qtの公式商用ライセンスFAQも、同じプロジェクト／製品で両者を混在させないよう説明しています。
例えば、同じ製品を共同開発するチームで、一部の開発者だけ商用ライセンスを購入し、残りの開発者がLGPL版を使えばよい、とは判断しないでください。商用ライセンスの対象となる開発者や組織の範囲は、適用される契約の定義・条件を確認する必要があります。
別製品でそれぞれ異なるライセンスを採用したい場合も、「リポジトリーが別なら別プロジェクト」「コードが一部共通なら必ず同一」といった単一の基準では断定できません。構成と利用関係を整理し、Qtの窓口に契約上の扱いを確認してください。
この回答は一般的な判断の入口です。個別製品への適用は、実際の契約・ライセンス本文を優先して確認してください。
参考資料
移行の方向によって条件が異なります。単にQtのインストール先を切り替えたり、商用ライセンスを後から購入したりするだけで、過去の開発や配布に適用される条件が自動的に置き換わるわけではありません。
Qtの公式商用ライセンスFAQでは、オープンソース版で開発を始めたコードを商用ライセンスへ移すには、The Qt Companyの書面による同意が必要と説明されています。自動的に移行できると考えず、購入・移行を決定する前に相談してください。
相談時には、開発開始時期、利用したQtの版・モジュール、参加した開発者、既存コードの範囲、配布実績、今後の配布方法を整理すると、対象と条件を確認しやすくなります。商用版への移行によって、過去のオープンソースライセンス上の義務が当然に消えるわけではありません。
移行先の版と全モジュールについて、利用可能なオープンソースライセンスの条件を満たせるかを確認します。Qtのすべてのモジュール・版がLGPLで提供されるわけではなく、GPLのみのものや商用限定の機能・部品は別に確認が必要です。
利用する部品、リンク方法、改変の有無、配布先に応じて、ライセンス表示、必要なソースコードの提供、ライブラリ差し替え等の要件を検討してください。また、商用契約に基づく既存の義務や権利は、その契約条件に従います。
判断手順：構成と開発・配布履歴を整理し、各部品のライセンスと適用契約を確認したうえで、Qtの窓口と移行条件を合意してください。この回答だけで個別製品の移行可否を確定するものではありません。